ЭКО с ИКСИ выполняется так же, как и обычное оплодотворение in vitro, с той разницей, что оплодотворение яйцеклетки проводится не «in vitro» семенной жидкостью, а с помощью внутрицитоплазматической инъекции сперматозоидов. Таким образом, основные этапы программы оплодотворения ИКСИ in vitro включают стимуляцию суперовуляции ультразвуковой фолликулометрией, трансвагинальную пункцию яичников, идентификацию и оценку зрелости яйцеклетки, подготовку сперматозоидов к оплодотворению, ИКСИ / ИМСИ, культивирование эмбрионов, последующая передача или криоконсервация. Эта программа имеет преимущества в тех случаях, когда у партнера плохое чтение спермы, небольшое количество яйцеклеток у женщины, есть показания к ПГД.