Удаление краниофарингиомы как радикальное лечение используется для небольших новообразований. Крупные краниофарингиомы, которые сдавливают крупные сосуды области сhiasmal-Sellar, прорастают черепные нервы, гипоталамус или в третью желудочковую полость, частично удаляются из-за риска повреждения структур, которые их сжимают. В таких случаях операция направлена на устранение сдавления зрительного хиазма или гипоталамуса новообразованием и восстановление потока спинномозговой жидкости. Для этой цели, наряду с частичным удалением неоплазии, во время кистозной дегенерации опухоли могут использоваться шунтирующие операции, расслоения или проколы кисты.